Le origini di Uggiano La Chiesa non sono certe. I documenti catastali dell'inizio del 1600, quelli dei "fuochi", intesi come famiglie, di fine 1400 e la serie di emblemi comunali andarono distrutti. Gli insediamenti umani iniziarono nella preistoria, infatti nelle vicinanze del villaggio uggianese, si ha la relativa certezza che stanziarono delle popolazioni avanzate, forse dei Messapi. Ne sono la prova la presenza dei monumenti megalitici, il bellissimo dolmen di "Scusi", i dolmen della masseria Quattromacine, i Menhir o pietrefitte di Giurdignano. Successivamente il casale avrà avuto le stesse vicende storiche del Salento, con la peculiarità rappresentata dall'influsso del vicino porto di Otranto.
Alcuni studi sostengono che Uggiano propriamente detta sia sorta nel 1300, dalle rovine di Vaste, uno dei più antichi borghi della provincia. Altri studi ritengono, invece, che Uggiano originariamente fosse solo una torre di vedetta, sorta per proteggere la città medievale di Otranto; nei vecchi documenti era chiamata "Viggiano", toponimo di derivazione latina "Vigilarum", che significa appunto "luogo di avvistamento e di controllo". Intorno alla torre sarebbe poi sorto il villaggio. Successivamente gli Aragonesi, durante il periodo del loro governo in Terra d'Otranto cedettero alla Chiesa di Otranto il villaggio e all'arcivesoco di Otranto attribuirono il titolo nobiliare di "Barone Oggiani".
Tuttora si possono intuire queste vicende storiche nella iconografia dello stemma civico. Da "Viggiano" derivò il toponimo Uggiano, a cui si aggiunse la determinazione "la Chiesa". Nel 1532 la popolazione uggianese contava 61 famiglie, mentre nel 1870 c'erano 531 case edificate e 13 mulini.
Fanno parte del territorio comunale di Uggiano La Chiesa anche le località di Casamasella