Un'ipotesi convincente farebbe risalire le origini di Miggiano all'età del bronzo. Sul posto infatti sono stati ritrovati resti umani risalenti a quel periodo, oltre ai vari menhir e grotte scavate nella pietra. Allo stesso modo testimoniano le numerose tombe messapiche e romane rinvenute nel 1878.
Miggiano solo nella fattispecie di villaggio o comune organizzato risalirebbe al XII secolo. Il paese di Miggiano già esiste nel 1182, la prova è data dalla presenza di un documento dell'archivio di Napoli, in cui si nomina appunto il "villaggio di Miggiano". Ma in realtà si tratta di un territorio ricco di insediamenti preistorici, greci e romani, in cui durante l'Alto Medioevo si origina un primo nucleo abitato ad opera di popolazioni viventi lungo la costa che si rifugiarono lì, perché in fuga dalle invasioni barbariche e saracene. Nel corso del 1100 Guglielmo il Malo distrusse la città di Vaste e i suoi abitanti fuggirono, riparando alcuni nella valle dove ora si trova il centro di Miggiano e altri nella località di Torrepaduli. Miggiano dunque il risulta essere il risultato della somma di più popoli.
Nel 1480 Miggiano subì il saccheggio dei Turchi impadronitisi di Otranto e del territorio circostante; successivamente fu attaccata dai Veneziani, spintisi nell'entroterra. Dopo l'Unità fece parte del demanio regio.
Il Conte normanno Tancredi d'Altavilla donò il feudo di Miggiano insieme a quello di Specchia e di Taurisano a Filiberto Monteroni, nel 1190. Successivamente Miggiano fu di varie famiglie nobiliari: gli Acquaviva, i Gallone, i Vernaleone, che vi costruirono un maestoso palazzo. Nel corso del XIV secolo si insediò una comunità di frati carmelitani che iniziò opere per la messa a coltura e la valorizzazione del agricola del territorio.
Saccheggi, barbarie e distruzioni furono subite da Miggiano nel corso del 1480 ad opera dei turchi, e nel 1484 ad opera dei veneziani, che annientarono completamente il paese; quattro anni dopo il paese entrò in guerra con Gallipoli.
Solo dopo, grazie alla benevolenza di Bellisario Acquaviva, che ne aveva la giurisdizione, la popolazione rimasta poté scampare alla miseria e carestia che patì quel territorio nel periodo immediatamente successivo. Nel 1486 il feudo di Miggiano diventava del Vescovo di Castro. Nel 1818, liquidata la Curia di Castro, la proprietà fu aggregata all'arcivescovado di Otranto nel 1818, che la tenne fino al 1866, momento in cui il feudo andò nelle mani del Regio Demanio.
Negli anni Trenta del Novecento il suo territorio beneficiò della bonifica e della realizzazione di opere infrastrutturali.
Una delle fonti di ricchezza del paese è l'allevamento, ma negli ultimi anni sono stati fatti investimenti nell'industria del mobile e nelle attività terziarie che hanno trasformato profondamente l'economia e la società.
Patrona del paese è Santa Marina Vergine, festeggiata il 17 luglio. Secondo un'antica leggenda Santa Marina, il cui culto è dovuto ai monaci Basiliani, passò la sua vita in un convento travestita da frate e fu persino sospettato di aver sedotto un ragazza. Solo alla sua morte si scoprì che era una donna e non frate Marino. Gli abitanti di Miggiano sono soprannominati "mangia-paparine"; un epiteto che si riferisce alla attitudine dei Miggianesi di mangirae la paparina, una pianta selvatica, di sapore appena dolciastro.