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Probabilmente Lequile risale al periodo dei Romani. Un centurione, Leculo, raggiunse questa zona e vi si stabilì, fece costruire una villa; a partire da essa e intorno ad essa sorse un villaggio. Alti studi, più credibili fanno invece derivare la nascita del Comune da uno stanziamento di centurioni romani, il loro embelma era una aquila; quindi da "le aquile", con la elisione della "a" e la unione dell'articolo con il sostantivo deriverebbe appunto il toponimo di Lequile. A dar credito a tale ipotesi è lo stemma odierno, una aquila come quello dell'epoca.
Il territorio di Lequile appartenne dal XI fino al XV secolo alla Contea di Lecce e al Principato di Taranto. I suoi feudatari furono i Brienne nel corso del 1300; durante i secoli che vanno dal XIV al XV si successero i Bonomine, i de Marco, i Sambiase, i Santabarbara e i Marescallo. Alla metà del XV secolo Maria d'Enghien, contessa di Lecce, principessa di Taranto e regina di Napoli, cedette il feudo al barone Guarino di San Cesario, la sua famiglia lo tenne fino al 1531. Poi toccò ai Doria, ai Pansa, ai Graffoglietti, ai Venato, agli Imparato, ed infine ai Saluzzo che conservarono il feudo fino alla eversione della feudalità nel 1806. La cittadina conserva ancora diversi esmpi del barocco leccese: il convento dei Francescani, la Chiesa di San Nicola, la Chiesa Matrice, il Santuario di Santa Maria della Consolazione, la Chiesa barocca di San Vito, ecc.
